Es el año 16 de la era Meiji. Han pasado cinco años desde que Kenshin Himura detuvo el levantamiento de Makoto Shishio. Aunque las llamas de su incipiente revolución se extinguieron, las cicatrices que dejó su estela aún se sienten en todo Japón. Todavía existen restos de su grupo, aunque dispersos. Algunos han encontrado la paz, mientras que otros siguen luchando. Después de que una facción restante intentara revivir la revolución, la vieja espada de Shishio cayó en manos de Ashitarou Hasegawa, un niño huérfano que nunca ha conocido un hogar. El conflicto también deja a Aran Inoue, un chico de 16 años medio japonés y medio americano, y a una chica mercenaria llamada Asahi Kubota con un precio muy alto que pagar, sin ningún otro lugar al que ir.
Pero, por suerte para estos individuos, el dojo Kamiya siempre ha sido un lugar que acepta a los vagabundos sin hurgar en sus pasados. Los tres quieren empezar de cero, así que cuando dos miembros del antiguo clan de Asahi aparecen exigiendo su regreso, ésta se niega y las cosas empiezan a ponerse feas. En medio del caos, los miembros del clan dejan caer un paquete que contiene una foto del padre del dojo de Kaoru Kamiya, presumiblemente fallecido, y su ubicación: Takodate, Hokkaido. Con sólo esta información, los miembros del dojo Kamiya se embarcan en una aventura a través del mar con la esperanza de encontrar noticias sobre el padre de Kaoru y la razón por la que se le persigue.
