La historia se centra en cuatro amigos aficionados a la natación; Haruka "Haru" Nanase, Makoto Tachibana, Nagisa Hazuki y Rin Matsuoka. Tras la graduación de la escuela primaria, Rin se marcha de Japón para estudiar en una academia de natación en Australia y así comenzar a seguir su sueño de ser un nadador olímpico. Cinco años después de la separación, Haruka ha dejado de nadar y no tiene deseos de pertenecer a ningún club de natación pese a la insistencia de Makoto y Nagisa. Sumado a esto, Rin ha regresado de Australia con una actitud bastante agresiva y sin intenciones de retomar la amistad de sus antiguos compañeros. Sin embargo, la creación del club de natación de la Secundaria Iwatobi traerá consigo una serie de cambios y reflexiones en Haruka respecto a la amistad, a los días pasados y, sobre todo, a los fuertes sentimientos y situaciones que lo involucran con Rin. Junto a sus amigos, Haruka volverá a descubrir la alegría de pertenecer a un equipo, el entusiasmo de la competencia y la incondicionalidad de la amistad pese al paso del tiempo y las heridas del pasado.
